Z tą śródlądową formacją związany był do kampanii wrześniowej 1939. Ten jeden z wyróżniających się dowódców Marynarki Wojennej II RP był wychowankiem Korpusu Morskiego w Petersburgu. Podczas I wojny światowej służył na okrętach Floty Bałtyckiej a po przewrocie bolszewickim opuścił w 1918 r. Rosję. Po krótkim epizodzie służby w estońskiej marynarce wojennej, w 1920 r. wyjechał do Warszawy.
Po zgłoszeniu się w Departamencie dla Spraw Morskich otrzymał przydział do Kadry Marynarki Wojennej w Toruniu. Wziął udział w przejmowaniu poniemieckich torpedowców w Szkocji jako dowódca Mazura. Na przełomie lat 1921/1922, będąc formalnie na stanowisku dowódcy okrętu, prowadził wykłady na Tymczasowych Kursach Instruktorskich w Toruniu, a po utworzeniu Oficerskiej Szkoły Marynarki Wojennej objął stanowisko dyrektora nauk i wykładowcy wiedzy okrętowej. W historii Marynarki Wojennej kojarzony jest jednak głównie jako dowódca Flotylli Pińskiej. Jego pozycja i autorytet zyskały Komandorowi przydomek „Księcia Polesia”. Upór i konsekwencja doprowadziły do tego, iż w końcowym okresie istnienia Flotylla Rzeczna przedstawiała znaczną wartość bojową. W 1929 r. Zajączkowski awansował do stopnia komandora porucznika, a w 1935 r. do stopnia komandora.
Wobec wzrastającego zagrożenia ze strony Niemiec na początku 1939 r. przedstawił szefowi Sztabu Głównego WP plan wydzielenia z Flotylli pododdziału do działań na Wiśle. Propozycję zaakceptowano i 1 marca 1939 r. utworzono Oddział Wydzielony „Wisła”, w skład którego weszła część lekkich jednostek pływających Flotylli Pińskiej. W wojnie obronnej 1939 r. Flotylla Rzeczna nie odegrała jednak większej roli na rzekach Polesia, jej jednostki pływające uległy zatopieniu przez własne załogi, a spieszeni marynarze wzięli udział w walkach SGO „Polesie”.
Komandor Zajączkowski, chcąc uniknąć niewoli przedarł się do Warszawy. Następnie przez Łotwę, Litwę, Szwecję w końcu grudnia 1939 r. zameldował się w KMW w Paryżu, skąd w styczniu następnego roku dotarł do Wielkiej Brytanii, gdzie szef KMW wyznaczył go na stanowisko komendanta SPMW. Kolejno pełnił obowiązki dowódcy okrętu bazy „Gdynia” i funkcję szefa Misji Morskiej w Kanadzie. Po likwidacji misji w czerwcu 1942 r. powrócił do Wielkiej Brytanii. Kiedy w lipcu tego roku powołano Biuro Studiów, został jego szefem następnie objął stanowisko komendanta Komendy Morskiej Południe w Plymouth. Kmdr Witold Zajączkowski po rozwiązaniu Marynarki Wojennej w 1947 r. wyemigrował do Kanady, gdzie zmarł w 1977 r.
źródło / fot. MMW
